La tecnología de biblioteca de variantes de precisión permite un cribado enfocado
La plataforma de síntesis de ADN basada en silicio masivamente paralela de Twist produce oligonucleótidos altamente uniformes y precisos, con el 90 % de los oligonucleótidos representados dentro de <2,5x de la media, junto con una tasa de error baja líder del sector de 1:2000 nt.
Combinado con nuestra experiencia en biología molecular bien asentada, la plataforma de síntesis de oligonucleótidos Twist permite la fabricación de bibliotecas de genes mutantes muy diversas con una excelente representación de variantes y una composición definida por el usuario altamente específica sin sesgos ni motivos no deseados. La tecnología de bibliotecas Twist permite una interrogación completa del espacio de la secuencia de la variante.
Obtenga más información sobre la capacidad de Twist Bioscience para construir bibliotecas complejas de alta diversidad en regiones confinadas (por ejemplo, CDR) e introducir avances tecnológicos que permiten la construcción de bibliotecas de ADN sintético con diversidad dispersa a lo largo de las estructuras.
La tecnología de biblioteca de variantes de precisión permite un cribado enfocado
La plataforma de síntesis de ADN basada en silicio masivamente paralela de Twist produce oligonucleótidos altamente uniformes y precisos, con el 90 % de los oligonucleótidos representados dentro de <2,5x de la media, junto con una tasa de error baja líder del sector de 1:2000 nt.
Combinado con nuestra experiencia en biología molecular bien asentada, la plataforma de síntesis de oligonucleótidos Twist permite la fabricación de bibliotecas de genes mutantes muy diversas con una excelente representación de variantes y una composición definida por el usuario altamente específica sin sesgos ni motivos no deseados. La tecnología de bibliotecas Twist permite una interrogación completa del espacio de la secuencia de la variante.
Obtenga más información sobre la capacidad de Twist Bioscience para construir bibliotecas complejas de alta diversidad en regiones confinadas (por ejemplo, CDR) e introducir avances tecnológicos que permiten la construcción de bibliotecas de ADN sintético con diversidad dispersa a lo largo de las estructuras.
La plataforma de síntesis de ADN basada en el silicio de Twist Bioscience proporciona a los científicos bibliotecas de gran calidad que generan datos fiables en menos tiempo. Si se compara con otras dos tecnologías de la competencia (figura 1), la biblioteca de Twist mostró menos de 1 % de desviación con respecto a la frecuencia de aminoácidos designada. Además de ajustarse de forma precisa a las relaciones de aminoácidos diseñadas, la plataforma de síntesis de ADN basada en el silicio de Twist incorpora sin problemas motivos de unión y variaciones de longitud convenientes a las bibliotecas multidominio, lo que permite a los científicos diseñar y personalizar con precisión bibliotecas de variantes que faciliten un análisis exhaustivo del espacio de variantes.
Y, con las bibliotecas de Twist, se evitan los problemas y los retos típicos de las bibliotecas NNK y TRIM. Cada variante se imprime base a base y se criba antes de la síntesis, con lo que se eliminan codones de detención, motivos de riesgo y mutaciones y sesgos no deseados, todo al inicio del proceso. Como resultado, la biblioteca se enriquece para las variantes funcionales solicitadas y se reduce la carga del cribado.
Nuestras bibliotecas líderes del sector listas para usar y diseñadas con precisión proporcionan a los científicos más oportunidades de lograr sus metas de investigación.
En Twist, utilizamos la experiencia en biología molecular para construir bibliotecas de variantes con precisión. Nuestro enfoque de control de base simple nos permite proporcionar bibliotecas de alta diversidad sin motivos que puedan confundir el proceso de cribado. Proporcionamos bibliotecas completamente personalizadas con una calidad inigualable con las variantes deseadas presentes en relaciones definidas por el usuario. Aquí puede ver un ejemplo de CVL representativo de dicha calidad. Se generaron variantes en siete posiciones de aminoácidos secuenciales y todas presentaron las variantes esperadas en las posiciones mostradas, casi todas en la relación deseada:
En las posiciones 1 y 6, se solicitó el aminoácido de tipo salvaje al 40 % (posición 1) y al 30 % (posición 7). Se solicitó que los 18 aminoácidos restantes fueran de tan solo 3,3 %.
Se solicitaron los residuos de aminoácidos en la posición 3-5 y se observaron al 5,3 %.
Nuestras bibliotecas de variantes precisas le permiten seleccionar qué secuencias de CDR (regiones de definición complementarias) exclusivas desea incorporar en la selección de estructuras.
Pueden optimizarse los codones de todas las CDR para evitar la creación de sitios de restricción no deseados. El aprendizaje automático se ha convertido en una parte integral de la investigación científica y se ha utilizado como una herramienta para analizar las bibliotecas de anticuerpos e identificar combinaciones de CDR exclusivas que podrían proporcionar, por ejemplo, una mayor afinidad y especificidad.
Combinadas con la plataforma de síntesis basada en el silicio de Twist, las combinaciones explícitas de bibliotecas generadas a partir del análisis pueden sintetizarse e incorporarse sin problemas en una biblioteca completamente sintética para refinar la exploración del espacio de las variantes.
Our platform enables uniform synthesis of highly complex oligonucleotides which minimizes potential bias in the downstream workflow. Our team of scientists have developed a strategy to maintain that uniformity throughout library fabrication and cloning. These are steps in the workflow that have been commonly shown to introduce bias which can lead to some variants showing up disproportionately in screens/assays. By maintaining the starting uniformity and minimizing the dropouts as well as under-represented variants, our cloned libraries are able to maintain a high level of diversity which helps reduce screening time and effort.
The figure shows the observed amino acid distribution at each variant position after fabrication (linear) and after cloning as it compares to the desired frequency (expected)
Todas las bibliotecas se verifican con la secuenciación de última generación (NGS), de modo que pueden utilizarse los datos negativos para identificar las mutaciones que no proporcionan funciones mejoradas y las que pueden eliminarse en la siguiente iteración del diseño de la biblioteca.
The table shows the amino acid frequency (%) at four sites of a mutagenic domain after library linear assembly and after cloning. The expected columns for each position shows the desired frequency of each amino acid substitution. This data shows that all expected variants were present at all positions, and uniformity was maintained throughout assembly and cloning.
La plataforma de síntesis de ADN basada en el silicio de Twist Bioscience proporciona a los científicos bibliotecas de gran calidad que generan datos fiables en menos tiempo. Si se compara con otras dos tecnologías de la competencia (figura 1), la biblioteca de Twist mostró menos de 1 % de desviación con respecto a la frecuencia de aminoácidos designada. Además de ajustarse de forma precisa a las relaciones de aminoácidos diseñadas, la plataforma de síntesis de ADN basada en el silicio de Twist incorpora sin problemas motivos de unión y variaciones de longitud convenientes a las bibliotecas multidominio, lo que permite a los científicos diseñar y personalizar con precisión bibliotecas de variantes que faciliten un análisis exhaustivo del espacio de variantes.
Y, con las bibliotecas de Twist, se evitan los problemas y los retos típicos de las bibliotecas NNK y TRIM. Cada variante se imprime base a base y se criba antes de la síntesis, con lo que se eliminan codones de detención, motivos de riesgo y mutaciones y sesgos no deseados, todo al inicio del proceso. Como resultado, la biblioteca se enriquece para las variantes funcionales solicitadas y se reduce la carga del cribado.
Nuestras bibliotecas líderes del sector listas para usar y diseñadas con precisión proporcionan a los científicos más oportunidades de lograr sus metas de investigación.
En Twist, utilizamos la experiencia en biología molecular para construir bibliotecas de variantes con precisión. Nuestro enfoque de control de base simple nos permite proporcionar bibliotecas de alta diversidad sin motivos que puedan confundir el proceso de cribado. Proporcionamos bibliotecas completamente personalizadas con una calidad inigualable con las variantes deseadas presentes en relaciones definidas por el usuario. Aquí puede ver un ejemplo de CVL representativo de dicha calidad. Se generaron variantes en siete posiciones de aminoácidos secuenciales y todas presentaron las variantes esperadas en las posiciones mostradas, casi todas en la relación deseada:
En las posiciones 1 y 6, se solicitó el aminoácido de tipo salvaje al 40 % (posición 1) y al 30 % (posición 7). Se solicitó que los 18 aminoácidos restantes fueran de tan solo 3,3 %.
Se solicitaron los residuos de aminoácidos en la posición 3-5 y se observaron al 5,3 %.
Nuestras bibliotecas de variantes precisas le permiten seleccionar qué secuencias de CDR (regiones de definición complementarias) exclusivas desea incorporar en la selección de estructuras.
Pueden optimizarse los codones de todas las CDR para evitar la creación de sitios de restricción no deseados. El aprendizaje automático se ha convertido en una parte integral de la investigación científica y se ha utilizado como una herramienta para analizar las bibliotecas de anticuerpos e identificar combinaciones de CDR exclusivas que podrían proporcionar, por ejemplo, una mayor afinidad y especificidad.
Combinadas con la plataforma de síntesis basada en el silicio de Twist, las combinaciones explícitas de bibliotecas generadas a partir del análisis pueden sintetizarse e incorporarse sin problemas en una biblioteca completamente sintética para refinar la exploración del espacio de las variantes.
Our platform enables uniform synthesis of highly complex oligonucleotides which minimizes potential bias in the downstream workflow. Our team of scientists have developed a strategy to maintain that uniformity throughout library fabrication and cloning. These are steps in the workflow that have been commonly shown to introduce bias which can lead to some variants showing up disproportionately in screens/assays. By maintaining the starting uniformity and minimizing the dropouts as well as under-represented variants, our cloned libraries are able to maintain a high level of diversity which helps reduce screening time and effort.
The figure shows the observed amino acid distribution at each variant position after fabrication (linear) and after cloning as it compares to the desired frequency (expected)
Todas las bibliotecas se verifican con la secuenciación de última generación (NGS), de modo que pueden utilizarse los datos negativos para identificar las mutaciones que no proporcionan funciones mejoradas y las que pueden eliminarse en la siguiente iteración del diseño de la biblioteca.
The table shows the amino acid frequency (%) at four sites of a mutagenic domain after library linear assembly and after cloning. The expected columns for each position shows the desired frequency of each amino acid substitution. This data shows that all expected variants were present at all positions, and uniformity was maintained throughout assembly and cloning.
Queremos ayudarle a realizar su pedido de bibliotecas de variantes de saturación de sitio. Haga clic en el botón “Get quote” (Obtener presupuesto) anterior, lo que le dirigirá a un breve formulario que deberá cumplimentar y nos pondremos en contacto con usted cuanto antes para ayudarle a realizar el pedido.
Si ya tiene una cuenta en Twist, puede iniciar sesión y empezar a cumplimentar los datos del pedido en línea.
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