Detección viral muy sensible
Detección viral muy sensible
Detección viral muy sensible
INFORMACIÓN GENERAL FLUJO DE TRABAJO ANÁLISIS DE DATOS RECURSOS
INFORMACIÓN GENERAL

Autorizado para uso clínico con autorización para uso de emergencia
 

La pandemia del coronavirus ha dado lugar a una rápida respuesta de la comunidad de investigación y terapéutica viral en todo el mundo. En asociación con Biotia, Inc., Twist ha recibido la autorización para uso de emergencia de la Administración de Alimentos y Medicamentos de los Estados Unidos (FDA) para el análisis de NGS del SARS-CoV-2. El análisis de NGS del SARS-CoV-2 es una prueba diagnóstica in vitro, un análisis muy sensible basado en la captura de hibridación de ácidos nucleicos diseñado para la detección del ARN del SARS-CoV-2. Combinado con el completo software de análisis de datos y las capacidades de elaboración de informes de Biotia (COVID-DX [v1.0]), la prueba reduce la probabilidad de un resultado negativo falso. Por el contrario, la mayoría de las pruebas del SARS-CoV-2 basadas en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) solo identifican marcadores genéticos limitados del virus. La tecnología de captura híbrida subyacente tiene una tolerancia alta a las variantes para identificar y caracterizar con precisión variantes nuevas o no caracterizadas, lo que maximiza el número de secuencias variantes identificadas, donde otros métodos podrían perder mutaciones en ciertas regiones.

El análisis de NGS del SARS-CoV-2 permite una secuenciación completa del genoma viral a partir de diversas fuentes (como los hisopos nasofaríngeos) con tan solo 800 copias virales por mililitro. El análisis permite el trabajo por lotes de hasta 96 muestras (92 muestras de pacientes al mismo tiempo con cuatro controles) en una sola prueba con el fin de indicar la presencia o ausencia del virus en cada muestra.

Además de recibir resultados de detección fiables, los investigadores tienen la opción de obtener un informe de uso exclusivo en investigación (RUO) sin coste adicional. El informe RUO incluye las variantes genéticas detectadas, los resultados de variantes asociados al clado y el análisis filogenético. Todo esto permite la vigilancia de las mutaciones virales, la variabilidad genética y la evolución.

Una solución integral
Sensibilidad analítica
Límite de detección (LoD) determinado para ser 800 copias virales por mililitro
Identifique las variantes para reducir la probabilidad de resultados negativos falsos
Preparación de bibliotecas innovadora
Rendimiento clínico
Supera el 95 % de las directrices de concordancia de la FDA
温度
Informe RUO opcional para los investigadores*
Proporciona el tipo de variante y el análisis filogenético para permitir la vigilancia epidemiológica

* Este producto no está aprobado por la FDA, pero cuenta con una autorización para uso de emergencia de la FDA por parte de laboratorios autorizados. Este producto solo está autorizado para la detección de ácidos nucleicos del SARS-CoV-2, no para otros virus o patógenos. El uso de emergencia de este producto solo está autorizado durante la declaración de que existen circunstancias que justifican la autorización del uso de emergencia de diagnósticos in vitro para la detección o el diagnóstico de la COVID-19 de acuerdo con la sección 564(b)(1) de la Ley Federal de Alimentos, Medicamentos y Cosméticos, 21 U.S.C. § 360bbb-3(b)(1), a menos que la declaración termine o la autorización se revoque antes.

Cuando la detección no es suficiente

 Presentamos el análisis de NGS del SARS-CoV-2 de uso exclusivo en investigación: un análisis basado en captura de hibridación de ácidos nucleicos altamente sensible que se utiliza para la detección, caracterización y monitorización ambiental del virus SARS-CoV-2. Utiliza la capacidad única de Twist Bioscience para desarrollar rápidamente paneles específicos del virus mediante la síntesis de ADN y el software de análisis de datos integral y las capacidades de generación de informes de Biotia (COVID-DX [v1.0]). 

  • Nivel de detección sensible de tan solo 800 copias virales por ml en cada muestra 
  • Cobertura >99,9 % del genoma a 1X o un postenriquecimiento mayor 
  • Capacidad para identificar mutaciones virales nuevas 
  • El informe de analíticas del software de uso exclusivo en investigación proporciona la tipología de las variantes y un análisis filogenético de la vigilancia epidemiológica.  
     

Twist con el software de análisis de Biotia

Autorizado para uso clínico con autorización para uso de emergencia
 

La pandemia del coronavirus ha dado lugar a una rápida respuesta de la comunidad de investigación y terapéutica viral en todo el mundo. En asociación con Biotia, Inc., Twist ha recibido la autorización para uso de emergencia de la Administración de Alimentos y Medicamentos de los Estados Unidos (FDA) para el análisis de NGS del SARS-CoV-2. El análisis de NGS del SARS-CoV-2 es una prueba diagnóstica in vitro, un análisis muy sensible basado en la captura de hibridación de ácidos nucleicos diseñado para la detección del ARN del SARS-CoV-2. Combinado con el completo software de análisis de datos y las capacidades de elaboración de informes de Biotia (COVID-DX [v1.0]), la prueba reduce la probabilidad de un resultado negativo falso. Por el contrario, la mayoría de las pruebas del SARS-CoV-2 basadas en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) solo identifican marcadores genéticos limitados del virus. La tecnología de captura híbrida subyacente tiene una tolerancia alta a las variantes para identificar y caracterizar con precisión variantes nuevas o no caracterizadas, lo que maximiza el número de secuencias variantes identificadas, donde otros métodos podrían perder mutaciones en ciertas regiones.

El análisis de NGS del SARS-CoV-2 permite una secuenciación completa del genoma viral a partir de diversas fuentes (como los hisopos nasofaríngeos) con tan solo 800 copias virales por mililitro. El análisis permite el trabajo por lotes de hasta 96 muestras (92 muestras de pacientes al mismo tiempo con cuatro controles) en una sola prueba con el fin de indicar la presencia o ausencia del virus en cada muestra.

Además de recibir resultados de detección fiables, los investigadores tienen la opción de obtener un informe de uso exclusivo en investigación (RUO) sin coste adicional. El informe RUO incluye las variantes genéticas detectadas, los resultados de variantes asociados al clado y el análisis filogenético. Todo esto permite la vigilancia de las mutaciones virales, la variabilidad genética y la evolución.

Una solución integral
Sensibilidad analítica
Límite de detección (LoD) determinado para ser 800 copias virales por mililitro
Identifique las variantes para reducir la probabilidad de resultados negativos falsos
Preparación de bibliotecas innovadora
Rendimiento clínico
Supera el 95 % de las directrices de concordancia de la FDA
温度
Informe RUO opcional para los investigadores*
Proporciona el tipo de variante y el análisis filogenético para permitir la vigilancia epidemiológica

* Este producto no está aprobado por la FDA, pero cuenta con una autorización para uso de emergencia de la FDA por parte de laboratorios autorizados. Este producto solo está autorizado para la detección de ácidos nucleicos del SARS-CoV-2, no para otros virus o patógenos. El uso de emergencia de este producto solo está autorizado durante la declaración de que existen circunstancias que justifican la autorización del uso de emergencia de diagnósticos in vitro para la detección o el diagnóstico de la COVID-19 de acuerdo con la sección 564(b)(1) de la Ley Federal de Alimentos, Medicamentos y Cosméticos, 21 U.S.C. § 360bbb-3(b)(1), a menos que la declaración termine o la autorización se revoque antes.

Cuando la detección no es suficiente

 Presentamos el análisis de NGS del SARS-CoV-2 de uso exclusivo en investigación: un análisis basado en captura de hibridación de ácidos nucleicos altamente sensible que se utiliza para la detección, caracterización y monitorización ambiental del virus SARS-CoV-2. Utiliza la capacidad única de Twist Bioscience para desarrollar rápidamente paneles específicos del virus mediante la síntesis de ADN y el software de análisis de datos integral y las capacidades de generación de informes de Biotia (COVID-DX [v1.0]). 

  • Nivel de detección sensible de tan solo 800 copias virales por ml en cada muestra 
  • Cobertura >99,9 % del genoma a 1X o un postenriquecimiento mayor 
  • Capacidad para identificar mutaciones virales nuevas 
  • El informe de analíticas del software de uso exclusivo en investigación proporciona la tipología de las variantes y un análisis filogenético de la vigilancia epidemiológica.  
     

Twist con el software de análisis de Biotia

Flujo de trabajo
Descripción general del flujo de trabajo

El panel de captura híbrida de unión a la biotina del ADNbc usado en este análisis está diseñado para enriquecer todas las secuencias del virus SARS-CoV-2 evolucionado en muestras de las vías respiratorias superiores procedentes de pacientes sospechosos de padecer la COVID-19.

Este análisis basado en la captura utiliza la síntesis del ADNc de la secuencia de ARN humano y viral de la plantilla en una muestra del paciente para producir bibliotecas amplificadas del ADNc mediante un termociclador de PCR. A continuación, la secuencia del virus SARS-CoV-2 pasa a ser el objetivo durante una reacción de hibridación con una sonda unida a la biotina específica para el virus SARS-CoV-2. Las regiones objetivo se extraen de las regiones no objetivo mediante el procedimiento químico biotina-estreptavidina y los lavados rigurosos. El resto de las moléculas se amplifican con un termociclador de PCR y se secuencian con una plataforma de secuenciación de última generación (NGS) basada en Illumina (sistema NextSeq 500, NextSeq 550, y NextSeq 550Dx).

Diagrama de descripción general del flujo de trabajo
Descripción general del flujo de trabajo

El panel de captura híbrida de unión a la biotina del ADNbc usado en este análisis está diseñado para enriquecer todas las secuencias del virus SARS-CoV-2 evolucionado en muestras de las vías respiratorias superiores procedentes de pacientes sospechosos de padecer la COVID-19.

Este análisis basado en la captura utiliza la síntesis del ADNc de la secuencia de ARN humano y viral de la plantilla en una muestra del paciente para producir bibliotecas amplificadas del ADNc mediante un termociclador de PCR. A continuación, la secuencia del virus SARS-CoV-2 pasa a ser el objetivo durante una reacción de hibridación con una sonda unida a la biotina específica para el virus SARS-CoV-2. Las regiones objetivo se extraen de las regiones no objetivo mediante el procedimiento químico biotina-estreptavidina y los lavados rigurosos. El resto de las moléculas se amplifican con un termociclador de PCR y se secuencian con una plataforma de secuenciación de última generación (NGS) basada en Illumina (sistema NextSeq 500, NextSeq 550, y NextSeq 550Dx).

Diagrama de descripción general del flujo de trabajo
Análisis de datos
Análisis de datos y elaboración de informes

El software Biotia COVID-DX (v1.0) analiza los resultados de la secuenciación para proporcionar un informe de orientación clínica que incluya los resultados sobre la presencia o ausencia del virus SARS-CoV-2 en cada muestra. El software es para uso diagnóstico de acuerdo con la autorización para uso de emergencia de la FDA. Puede consultar un informe de muestra en la figura 2.

Presencia/ausencia
La detección del SARS-CoV-2 se basa en el porcentaje de genoma viral recuperado de una muestra de paciente. Cuanto mayor sea el porcentaje de genoma viral recuperado, mayor probabilidad habrá de que el análisis determine la presencia del virus. 

Interpretación de resultados
INFORME POSITIVO: Se ha detectado genoma viral del SARS-CoV-2.
INFORME NEGATIVO: No se ha detectado genoma viral del SARS-CoV-2.
INFORME NO VÁLIDO: Los controles no han pasado el filtro. Deberá volver a analizarse la muestra. Si se produce un segundo fallo, se comunicará al solicitante que hay un “resultado no válido” y se sugerirá una segunda recogida si la prueba del paciente sigue estando clínicamente recomendada.

Informe de la prueba de Biotia
Informe clínico EUA para una prueba positiva

El rendimiento clínico del análisis de NGS del SARS-CoV-2 se evaluó comparando los resultados con un análisis de RT-PCR autorizado por la FDA con una autorización para uso de emergencia (EUA RT-PCR). Se analizaron 60 muestras de hisopos nasofaríngeos (NP), que incluyeron 30 muestras positivas y 30 muestras negativas para el SARS-CoV-2. El acuerdo porcentual de los positivos y negativos se calculó con respecto al método comparador del EUA RT-PCR y se indica a continuación a la derecha.

Tabla del comparador del EUA RT-PCR
Características de rendimiento

Límite de detección (LoD)
Un estudio de sensibilidad analítica estableció la concentración más baja del SARS-CoV-2 (copias de genoma [cp]/μl) que puede detectar el análisis de NGS del SARS-CoV-2 NGS en al menos un 95 % de las veces. El LoD se determinó en 800 copias/ml y se replicó 30 veces con 29/30 (96,67 %) muestras con resultado positivo.

Evaluación clínica
El rendimiento clínico del análisis de NGS del SARS-CoV-2 se evaluó comparando los resultados con un análisis de RT-PCR autorizado por la FDA con una autorización para uso de emergencia (EUA RT-PCR). Se analizaron 120 muestras de hisopos nasofaríngeos (NP), que incluyeron 60 muestras positivas y 60 muestras negativas para el SARS-CoV-2. El acuerdo porcentual de los positivos y negativos se calculó con respecto al método comparador del EUA RT-PCR y se indica a continuación a la derecha.
 

Análisis de datos y elaboración de informes

El software Biotia COVID-DX (v1.0) analiza los resultados de la secuenciación para proporcionar un informe de orientación clínica que incluya los resultados sobre la presencia o ausencia del virus SARS-CoV-2 en cada muestra. El software es para uso diagnóstico de acuerdo con la autorización para uso de emergencia de la FDA. Puede consultar un informe de muestra en la figura 2.

Presencia/ausencia
La detección del SARS-CoV-2 se basa en el porcentaje de genoma viral recuperado de una muestra de paciente. Cuanto mayor sea el porcentaje de genoma viral recuperado, mayor probabilidad habrá de que el análisis determine la presencia del virus. 

Interpretación de resultados
INFORME POSITIVO: Se ha detectado genoma viral del SARS-CoV-2.
INFORME NEGATIVO: No se ha detectado genoma viral del SARS-CoV-2.
INFORME NO VÁLIDO: Los controles no han pasado el filtro. Deberá volver a analizarse la muestra. Si se produce un segundo fallo, se comunicará al solicitante que hay un “resultado no válido” y se sugerirá una segunda recogida si la prueba del paciente sigue estando clínicamente recomendada.

Informe de la prueba de Biotia
Informe clínico EUA para una prueba positiva

El rendimiento clínico del análisis de NGS del SARS-CoV-2 se evaluó comparando los resultados con un análisis de RT-PCR autorizado por la FDA con una autorización para uso de emergencia (EUA RT-PCR). Se analizaron 60 muestras de hisopos nasofaríngeos (NP), que incluyeron 30 muestras positivas y 30 muestras negativas para el SARS-CoV-2. El acuerdo porcentual de los positivos y negativos se calculó con respecto al método comparador del EUA RT-PCR y se indica a continuación a la derecha.

Tabla del comparador del EUA RT-PCR
Características de rendimiento

Límite de detección (LoD)
Un estudio de sensibilidad analítica estableció la concentración más baja del SARS-CoV-2 (copias de genoma [cp]/μl) que puede detectar el análisis de NGS del SARS-CoV-2 NGS en al menos un 95 % de las veces. El LoD se determinó en 800 copias/ml y se replicó 30 veces con 29/30 (96,67 %) muestras con resultado positivo.

Evaluación clínica
El rendimiento clínico del análisis de NGS del SARS-CoV-2 se evaluó comparando los resultados con un análisis de RT-PCR autorizado por la FDA con una autorización para uso de emergencia (EUA RT-PCR). Se analizaron 120 muestras de hisopos nasofaríngeos (NP), que incluyeron 60 muestras positivas y 60 muestras negativas para el SARS-CoV-2. El acuerdo porcentual de los positivos y negativos se calculó con respecto al método comparador del EUA RT-PCR y se indica a continuación a la derecha.
 

RECURSOS