Material de referencia sintético de alta sensibilidad para el desarrollo de pruebas de biopsias líquidas y el control de los procesos
El estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 es una herramienta completa creada para ayudar a los investigadores en el desarrollo y el control de la calidad de variantes clínicamente pertinentes para el desarrollo de pruebas basadas en la secuenciación de última generación (NGS). Asimismo, los investigadores pueden utilizar estos estándares de referencia para definir dos parámetros analíticos esenciales: el límite de detección (LoD) y el límite de blancos (LoB) para sus pruebas. Formado por ADN libre circulante (ADNlc) de fondo de tipo salvaje (WT) de una línea celular y oligonucleótidos sintéticos que portan alelos mutantes, este material de referencia ofrece la precisión y sensibilidad necesarias para la investigación sobre el desarrollo de pruebas de biopsias líquidas.
Amplia cobertura de variantes
El estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 ofrece una amplia matriz de variantes de ADN tumoral circulante (ADNtc). Estas variantes son muy similares a los fragmentos de ADNlc en cuanto al tamaño y la distribución, lo que le convierte en una herramienta indispensable para simular de forma precisa situaciones del mundo real. Está formado por variantes impresas sintéticamente, lo que incluye variantes de un solo nucleótido (SNV), inserciones-deleciones (INDEL) y variantes estructurales (SV).
Sitios de variantes completos
Con más de 400 sitios de variantes que abarcan 84 genes, lo que incluye variantes clínicamente pertinentes seleccionadas en la bibliografía, este estándar de referencia promueve un enfoque exhaustivo del análisis de ADNlc. Permite a los investigadores detectar una amplia variedad de variaciones genéticas asociadas al cáncer.
Permite el establecimiento del LoD y el LoB
El estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 está meticulosamente diseñado para ayudar en la determinación del límite de detección (LoD) y el límite de blancos (LoB) analíticos de sus pruebas. Esta capacidad fundamental puede permitirle definir los niveles más bajos detectables de variantes objetivo y establecer un valor de base para la sensibilidad de la prueba.
Tasa de errores de fondo baja
Los análisis comparativos demuestran que el estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 muestra una tasa de error significativamente más baja que su predecesor (v1) y otros productos de la competencia.
Compatibilidad y versatilidad
El estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 se integra sin problemas en el conjunto de sistemas de enriquecimiento del objetivo y paneles de captura personalizados de Twist. El conjunto del estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 está formado por 7 tubos individuales con 300 ng por tubo para cada uno de las 7 diferentes VAF: 0 % (WT), 0,1 %, 0,25 %, 0,5 %, 1 %, 2 %, 5 %. Twist también ofrece cada VAF individual en una configuración más pequeña de 600 ng y una mayor que 3 ug.
* Solo para investigación. No utilizar en procedimientos diagnósticos o clínicos.
Material de referencia sintético de alta sensibilidad para el desarrollo de pruebas de biopsias líquidas y el control de los procesos
El estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 es una herramienta completa creada para ayudar a los investigadores en el desarrollo y el control de la calidad de variantes clínicamente pertinentes para el desarrollo de pruebas basadas en la secuenciación de última generación (NGS). Asimismo, los investigadores pueden utilizar estos estándares de referencia para definir dos parámetros analíticos esenciales: el límite de detección (LoD) y el límite de blancos (LoB) para sus pruebas. Formado por ADN libre circulante (ADNlc) de fondo de tipo salvaje (WT) de una línea celular y oligonucleótidos sintéticos que portan alelos mutantes, este material de referencia ofrece la precisión y sensibilidad necesarias para la investigación sobre el desarrollo de pruebas de biopsias líquidas.
Amplia cobertura de variantes
El estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 ofrece una amplia matriz de variantes de ADN tumoral circulante (ADNtc). Estas variantes son muy similares a los fragmentos de ADNlc en cuanto al tamaño y la distribución, lo que le convierte en una herramienta indispensable para simular de forma precisa situaciones del mundo real. Está formado por variantes impresas sintéticamente, lo que incluye variantes de un solo nucleótido (SNV), inserciones-deleciones (INDEL) y variantes estructurales (SV).
Sitios de variantes completos
Con más de 400 sitios de variantes que abarcan 84 genes, lo que incluye variantes clínicamente pertinentes seleccionadas en la bibliografía, este estándar de referencia promueve un enfoque exhaustivo del análisis de ADNlc. Permite a los investigadores detectar una amplia variedad de variaciones genéticas asociadas al cáncer.
Permite el establecimiento del LoD y el LoB
El estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 está meticulosamente diseñado para ayudar en la determinación del límite de detección (LoD) y el límite de blancos (LoB) analíticos de sus pruebas. Esta capacidad fundamental puede permitirle definir los niveles más bajos detectables de variantes objetivo y establecer un valor de base para la sensibilidad de la prueba.
Tasa de errores de fondo baja
Los análisis comparativos demuestran que el estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 muestra una tasa de error significativamente más baja que su predecesor (v1) y otros productos de la competencia.
Compatibilidad y versatilidad
El estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 se integra sin problemas en el conjunto de sistemas de enriquecimiento del objetivo y paneles de captura personalizados de Twist. El conjunto del estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 está formado por 7 tubos individuales con 300 ng por tubo para cada uno de las 7 diferentes VAF: 0 % (WT), 0,1 %, 0,25 %, 0,5 %, 1 %, 2 %, 5 %. Twist también ofrece cada VAF individual en una configuración más pequeña de 600 ng y una mayor que 3 ug.
* Solo para investigación. No utilizar en procedimientos diagnósticos o clínicos.
El análisis de fragmentos de ADN del estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2, ADNlc nativo y estándares de referencia de la competencia ecualizados para una altura de pico máxima. Los estándares de Twist tienen una distribución del tamaño que simula al ADNlc nativo, lo que incluye un pico mononucleosómico y un pico dinucleosómico prominentes.
Las moléculas de ADN de las variantes se disponen en mosaico por el locus genómico de la variante (línea de trazos morada con estrella) con una superposición extensa, lo que proporciona una cobertura alta, diversidad de los fragmentos y diversidad de las ubicaciones del sitio de las variantes con respecto a los extremos de la molécula de ADN.
El análisis de las tasas de mutaciones de fondo se define como la tasa de variantes ajenas a líneas germinales detectadas en lecturas de consenso dúplex de un muestra WT con enriquecimiento del objetivo y se realizó en el estándar de ADNlc Twist v2, ADNlc nativo, un estándar de ADN de la competencia y el estándar de ADNlc Twist v1. La tasa de error de fondo del pantumoral Twist v2 es similar al ADNlc nativo e inferior al v1 anterior y un producto de la competencia debido al proceso de producción de alta fidelidad.
Visualización del tamaño de la inserción o deleción de las INDEL incluidas en los estándares de referencia mediante un histograma de anchura de bins de 1, donde los números negativos son deleciones y los números positivos son inserciones. No se muestran las SNV. Las INDEL incluidas presentan una amplia variedad de tamaños, lo que permite numerosos análisis del rendimiento de la detección de INDEL. Las INDEL van de las deleciones de 30 pb a las inserciones de 15 pb.
Frecuencia alélica de una variante (VAF) promedio detectada por secuenciación de última generación (NGS) en diferentes VAF de estándares de referencia (mostradas en una escala logarítmica). Los estándares de referencia pantumoral para ADNlc Twist se capturaron con un panel personalizado dirigido a 215 variantes de un solo nucleótido (SNV) detectadas en los estándares y secuenciadas para un cobertura bruta 80 000x antes de la deduplicación de UMI. La VAF media detectada por NGS es muy similar a la VAF prevista en todos los niveles probados, lo que facilita la comparación sencilla de las pruebas.
El análisis de fragmentos de ADN del estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2, ADNlc nativo y estándares de referencia de la competencia ecualizados para una altura de pico máxima. Los estándares de Twist tienen una distribución del tamaño que simula al ADNlc nativo, lo que incluye un pico mononucleosómico y un pico dinucleosómico prominentes.
Las moléculas de ADN de las variantes se disponen en mosaico por el locus genómico de la variante (línea de trazos morada con estrella) con una superposición extensa, lo que proporciona una cobertura alta, diversidad de los fragmentos y diversidad de las ubicaciones del sitio de las variantes con respecto a los extremos de la molécula de ADN.
El análisis de las tasas de mutaciones de fondo se define como la tasa de variantes ajenas a líneas germinales detectadas en lecturas de consenso dúplex de un muestra WT con enriquecimiento del objetivo y se realizó en el estándar de ADNlc Twist v2, ADNlc nativo, un estándar de ADN de la competencia y el estándar de ADNlc Twist v1. La tasa de error de fondo del pantumoral Twist v2 es similar al ADNlc nativo e inferior al v1 anterior y un producto de la competencia debido al proceso de producción de alta fidelidad.
Visualización del tamaño de la inserción o deleción de las INDEL incluidas en los estándares de referencia mediante un histograma de anchura de bins de 1, donde los números negativos son deleciones y los números positivos son inserciones. No se muestran las SNV. Las INDEL incluidas presentan una amplia variedad de tamaños, lo que permite numerosos análisis del rendimiento de la detección de INDEL. Las INDEL van de las deleciones de 30 pb a las inserciones de 15 pb.
Frecuencia alélica de una variante (VAF) promedio detectada por secuenciación de última generación (NGS) en diferentes VAF de estándares de referencia (mostradas en una escala logarítmica). Los estándares de referencia pantumoral para ADNlc Twist se capturaron con un panel personalizado dirigido a 215 variantes de un solo nucleótido (SNV) detectadas en los estándares y secuenciadas para un cobertura bruta 80 000x antes de la deduplicación de UMI. La VAF media detectada por NGS es muy similar a la VAF prevista en todos los niveles probados, lo que facilita la comparación sencilla de las pruebas.
107576
Conjunto estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2, kit de 300 ng107577
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0 % (WT), 3 ug107578
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0,1 %, 3 ug107579
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0,25 %, 3 ug107580
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0,5 %, 3 ug107581
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 1 %, 3 ug107582
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 2 %, 3 ug107583
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 5 %, 3 ug107584
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0 %, 600 ng107585
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0,1 %, 600 ng107586
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0,25 %, 600 ng107587
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0,5 %, 600 ng107588
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 1 %, 600 ng107589
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 2 %, 600 ng107590
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 5 %, 600 ng* El kit incluye 7 VAF, individualmente: 0 % (WT), 0,1 %, 0,25 %, 0,5 %, 1 %, 2 %, 5 % a 300 ng cada tubo
* Solo para investigación. No utilizar en procedimientos diagnósticos o clínicos.
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Conjunto estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2, kit de 300 ng107577
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0 % (WT), 3 ug107578
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0,1 %, 3 ug107579
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0,25 %, 3 ug107580
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0,5 %, 3 ug107581
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 1 %, 3 ug107582
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 2 %, 3 ug107583
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 5 %, 3 ug107584
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0 %, 600 ng107585
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0,1 %, 600 ng107586
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0,25 %, 600 ng107587
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 0,5 %, 600 ng107588
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 1 %, 600 ng107589
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 2 %, 600 ng107590
Estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2 VAF 5 %, 600 ng* El kit incluye 7 VAF, individualmente: 0 % (WT), 0,1 %, 0,25 %, 0,5 %, 1 %, 2 %, 5 % a 300 ng cada tubo
* Solo para investigación. No utilizar en procedimientos diagnósticos o clínicos.
Archivos de datos
Lista de variantes del estándar de referencia pantumoral para ADNcl Twist V2: En formato .vcf y Excel
Artículo
Preguntas frecuentes sobre el estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2
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Preguntas frecuentes sobre el estándar de referencia pantumoral para ADNlc Twist v2
