概述
Twist Alliance 组合简介——与领先科学机构合作设计的精选高质量靶向富集组合。
Twist Alliance 组合结合了 Twist 世界级的寡核苷酸合成平台与我们科学合作伙伴深度的领域专业知识，可提供现成的组合，助力您加快研究进度。在专家已经为您完成工作的情况下，为什么还要花时间来设计组合？
概述
Twist Alliance 组合简介——与领先科学机构合作设计的精选高质量靶向富集组合。
Twist Alliance 组合结合了 Twist 世界级的寡核苷酸合成平台与我们科学合作伙伴深度的领域专业知识，可提供现成的组合，助力您加快研究进度。在专家已经为您完成工作的情况下，为什么还要花时间来设计组合？
探讨我们的组合
Twist Alliance 组合旨在为您提供一个良好的开端，汇集多学科专业知识，实现卓越的靶向富集，适用于从癌症诊断到载体筛选的各种应用。如果所有组合看起来都非常适合您的需求，每个组合都可根据您的需求定制。您是否有兴趣同我们合作，实现新的组合的商业化？联系我们。帮助您跳过设计、建造、测试、学习周期。
Twist Alliance 多样性 SNP 组合
历史基因分型工具的一个普遍问题在于它们偏向于少数族裔，使得人类的很大一部分在测序基因分型 (GBS) 工作流程中的代表性不足。例如，微阵列平台仅提供偶尔更新的内容，更加剧了这一挑战。
研究人员可以通过利用基于靶标捕获的 NGS 工作流程来解决这些低效和不公平问题，该工作流程的探针组合旨在实现多样性和灵活性。
作为 Twist 不断增长的靶向 GBS 产品组合的一部分，Twist 多样性 SNP 组合为研究人员提供了一种全新、灵活、不分种族的金标准，可用于 GBS。
科学家可以自由地使用该组合作为一种独立的基因分型组合，或添加到 Twist 人全面外显子组组合中。其设计也可定制——可在 Twist 的 DNA 合成平台上合成涵盖目标区的额外探针。
Twist 多样性 SNP 组合的内容与 Regeneron 遗传学中心的领导合作策划。该组合旨在整合到现有的全自动化外显子组处理工作流中，提供基本调用和估算变量。
可以使用可用的开源工具计算基因分型。要获得开始使用插补分析工具的插补指南副本，请联系客户支持部。
注：Diversity SNP 组合内容尚未通过完整的 Twist 工作流进行充分验证。有关检测设置的建议，请联系 Twist 客户支持部。
探针
640k覆盖的 SNP
1.4M灵敏度
插补大多数变异株，直至 MAF 为 0.1% 或以下订购信息
104374
Twist 多样化 SNP 组合，2 次反应104375
Twist 多样化 SNP 组合，12 次反应104376
Twist 多样化 SNP 组合，96 次反应104393
Twist 多样化 SNP 组合，16 个样本，采用标准杂交的完整试剂盒104394
Twist 多样性 SNP 组合，96 个样本，采用标准杂交的完整试剂盒Twist Alliance 泛癌症甲基化组合 - 1.5 MB
甲基化测序作为一种灵敏的工具，可检测和追踪癌细胞来源。但同任何测序项目一样，需要权衡覆盖的广度和深度。如果您准备好关注癌症特异性甲基化模式，就可使用本组合。AnchorDx 的专家同 Twist 合作，创建了一个定制的靶向富集组合，专门关注与 31 种不同癌症相关的靶标。
Twist Alliance 泛癌症甲基化组合 - 1.5 MB 可深度覆盖临床重点靶标，可用于研究可能与肿瘤和液体活检样本的早期癌症检测和诊断相关的甲基化模式。该组合与 AnchorDx 的专家合作设计，并采用 Twist 世界级的寡核苷酸合成平台构建，具有较高的中靶率和高度均一性，并且采用乳腺癌、结直肠癌和非小细胞肺癌的液体活检样本，通过 Twist 甲基化工作流程进行了验证。
组合设计
- 31 种癌症类型、47 个疾病实体，基于 TCGA 数据库
- 13,090 个探针
- 涉及 126k 个 CpG 位点
- 约 12k 个差异性甲基化区域 (DMR)
- 12k 中有 9k (74%) 与 CpG 岛重叠
注：Twist Alliance 泛癌症甲基化组合 - 1.5 MB 未获得 ISO-13485 认证
订购信息
104694
Twist Alliance 泛癌症甲基化组合 - 1.5 MB，2 次反应104695
Twist Alliance 泛癌症甲基化组合 - 1.5 MB，12 次反应104696
Twist Alliance 泛癌症甲基化组合 - 1.5 MB，96 次反应101976
NEBNext® EM-seq™ 试剂盒，用于 Twist 靶向甲基化测序，96 个样本*103557
Twist 甲基化促进剂，12 次反应100578
Twist 通用封闭剂，12 次反应100983
Twist 结合和纯化磁珠试剂盒，12 次反应101174
Twist 快速杂交和洗脱试剂盒，12 次反应103496
Twist 靶向甲基化测序工作流程，96×12 次反应
*还提供 2 次反应和 12 个反应大小用于富集
Twist Alliance 临床研究外显子组 - 34.9 MB
Twist Alliance 临床研究外显子组帮助支持博德研究所基因组学平台，并采用经验证的、来自临床患者样本的数据进行设计。该组合利用了 Twist 灵活的 NGS 平台，可轻松、快速地定制内容，最终对外显子组进行全面调查，并补充丰富了与癌症以及罕见和遗传性疾病相关的基因组临床相关区域。该检测具有 Twist NGS 探针出众的均一性，可降低每个样本的成本和提高通量效率，迄今为止，博德研究所已利用该检测处理了超过 250,000 个样本，保持了其在外显子组测序方面的领先地位。
该组合的全面设计包括 Twist 核心外显子组、线粒体基因组和额外经过验证的编码和非外显子目标区域（如 ACMG73 基因）、来自 OMIM 和 COSMIC 的补充区域覆盖度，以及博德研究定义的特异性靶标。
注：Twist Alliance 临床研究外显子组 - 34.9 MB 内容已通过完整的 Twist 工作流程进行充分的验证。有关检测设置的建议，请联系 Twist 客户支持部。
注：Twist Alliance 临床研究外显子组 - 34.9 MB 未获得 ISO-13485 认证。
订购信息
104032
Twist Alliance 临床研究外显子组，34.9 MB，2 次反应试剂盒104033
Twist Alliance 临床研究外显子组，34.9 MB，12 次反应试剂盒104034
Twist Alliance 临床研究外显子组，34.9 MB，96 次反应试剂盒Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB
在常规检测未能提供诊断的情况下，医生通常会求助于 DNA 测序组合来寻求答案，尤其是当怀疑存在遗传性疾病时。但如果无专家指导，可能难以知道哪个组合才是合适的组合。
Victorian Clinical Genetics Services (VCGS) 凭借几十年的临床基因组学经验，与 Twist 合作设计了一种诊断组合——Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB，可覆盖整个外显子组，专门覆盖临床相关基因 (Mendeliome)。在设计该组合时，特别注意确保临床相关位点的额外覆盖度，这些位点不属于外显子组传统靶向的基因编码区（即非编码区中的已知致病位点）。
Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB 组合是一种出众、且具有高度均一性的组合，有助于简化遗传性疾病相关等位基因的识别，无论是通过载体筛选还是产前和产后检测。
注：Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB 内容已通过完整的 Twist 工作流程进行充分的验证。有关检测设置的建议，请联系 Twist 客户支持部。
注：Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB 未获得 ISO-13485 认证。
探针总数
425.4K包括 Twist 综合外显子组
394.1K 个探针和 VCGS 设计的内容
31.3K 个探针订购信息
104282
Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB，2 次反应试剂盒104283
Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB，12 次反应试剂盒104284
Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB，96 次反应试剂盒Twist Alliance Canine Exome - 40.5 Mb
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures
Understanding the genetic variation between dog breeds is critical to understanding genetic regulation of traits as well as the basis and progression of disease in dogs. Consequently, comprehensive gene panels such as exomes are pivotal in improving veterinary diagnostics and the associated clinical medicine. These types of NGS panels will also accelerate research into developing a deeper understanding of canine cancers and potential therapeutics.
The Twist Alliance Canine Exome developed in collaboration with the Broad Institute’s Karlsson lab provides just the right tool for canine genomic research. In addition, canine genomic research has also been found to have benefits for human medical research due to genetic similarities found between human and canine tumors such as CNVs, differential gene expressions, and structural chromosome abnormalities1.
The Twist Alliance Canine exome panel was designed with the following objectives in mind
- Covers coding exons of canine genes
- Enable comparative genomic studies between canine and human genomes
- Includes regions of known importance in human cancers
- Allows for cost-effective deep sequencing
The panel contains more than 17k Genes/targets based on CanFam3.1, with additional coverage of genes/targets that are implicated in canine cancer.
| 基因 |
Associated |
基因 | Associated COSMIC mutations |
基因 | Associated COSMIC mutations |
| ABL1 | 19 | HRAS | 26 | TET2 | 16 |
| AKT1 | 6 | MPL | 0 | FAS | 3 |
| ERBB2 | 19 | SMAD4 | 31 | STAT5B | 4 |
| GNAS | 12 | ATM | 24 | DNMT3A | 6 |
| MET | 18 | FBXW7 | 25 | STAT3 | 6 |
| RB1 | 18 | IDH1 | 15 | CREBBP | 9 |
| CCR4 | 3 | NOTCH1 | 20 | RHOA | 1 |
| MYC | 5 | SMARCB1 | 11 | CHEK2 | 5 |
| EGFR | 123 | BRAF | 77 | PRDM1 | 6 |
| GNAQ | 6 | FGFR1 | 2 | CDKN2A | 108 |
| KRAS | 63 | IDH2 | 12 | FGFR3 | 17 |
| PTPN11 | 28 | NPM1 | 28 | JAK3 | 6 |
| CD28 | 3 | SMO | 5 | PDGFRA | 26 |
| PLCG1 | 3 | CDH1 | 7 | STK11 | 22 |
| ALK | 8 | FGFR2 | 8 | CTNNB1 | 73 |
| ERBB4 | 13 | JAK2 | 5 | GNA11 | 5 |
| HNF1A | 10 | NRAS | 35 | KIT | 139 |
| MLH1 | 1 | SRC | 1 | PTEN | 146 |
| RET | 17 | JAK1 | 12 | VHL | 124 |
| APC | 164 | IL7R | 4 | CSF1R | 8 |
| EZH2 | 11 | IL2RG | 3 | FLT3 | 30 |
| TP53 | 1087 | TNFAIP3 | 9 | KDR | 11 |
| FYN | 3 | PIK3CA | 97 |
The above table shows 50 such targets along with COSMIC mutations associated with each of these genes (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5978258/) - these genes were tiled 2x for higher coverage. FOXA1 and TERT promoter were tiled at 4x. All other regions were tiled at 1x, as per our standard practices.
With curated content from the leading canine cancer researchers in the world combined with Twist's robust panel performance, the Twist Alliance Canine Exome provides the most optimal tool for researchers studying canine diseases as well as rare human diseases.
1 Overgaard,N.H.,Fan,T.M.,Schachtschneider,K.M.,Principe,D.R.,Schook,L.B.,& Jungersen, G. (2018). Of Mice, Dogs, Pigs, and Men: Choosing the Appropriate Model for Immuno-Oncology Research. ILAR journal, 59(3), 247–262.
注：The Twist Alliance Canine Exome - 40.5 MB is not ISO-13485 certified.
订购信息
105305
Twist Alliance Canine Exome - 40.5 Mb, 2 Reactions, Kit105306
Twist Alliance Canine Exome - 40.5 Mb, 12 Reactions, Kit105307
Twist Alliance Canine Exome - 40.5 Mb, 96 Reactions, Kit
