高度敏感的病毒检测
高度敏感的病毒检测
高度敏感的病毒检测
概述 工作流 数据分析 资源
概述

根据紧急使用授权书授权临床使用
 

世界各地的病毒研究团队和治疗领域都在快速应对冠状病毒疫情。Twist 与 Biotia, Inc. 合作,获得了美国食品与药物管理局 (FDA) 的 SARS-CoV-2 新一代测序 (NGS) 检测紧急使用授权 (EUA)。SARS-CoV-2 NGS 检测是一种体外诊断测试,一种基于核酸杂交捕获的高灵敏度检测,旨在检测 SARS-CoV-2 RNA。该测试结合 Biotia 全面的数据分析软件和报告能力 (COVID-DX (v1.0)),降低了假阴性结果的可能性。相比之下,大多数基于聚合酶链式反应 (PCR) 的 SARS-CoV-2 检测只能识别有限的病毒遗传标记。潜在的杂交捕获技术具有高度的变体耐受性,可准确鉴定和表征新的或未表征的变体,最大限度地增加已鉴定的变体序列的数量,相比之下其他方法可能会遗漏某些区域的突变。

SARS-CoV-2 NGS 检测可从各种来源(如鼻咽拭子)完成病毒基因组测序,每毫升病毒拷贝数低至 800。该检测可在一次检测中对多达 96 个样本(92 个患者样本和 4 个质控品样本)进行批量分析,以表明每份样本中是否存在病毒。

除获得可靠的检测结果之外,研究人员还可以选择获得仅供研究使用 (RUO) 的报告,无需额外收费。RUO 报告包括检测到的遗传变异、与分支相关的变异结果和系统发生分析,所有这些都可以对病毒突变、遗传可变性和进化进行监测。

端对端解决方案
分析灵敏度
测定的检测限 (LoD) 为每毫升 800 个病毒拷贝
识别变体,以降低假阴性结果的可能性
创新的文库制备
临床性能
超过 95% 的 FDA 一致性指南
温度
供研究人员使用的可选 RUO 报告*
提供变体分型和系统发生分析,以实现流行病学监测

*本产品尚未获得 FDA 许可或批准,但已被 FDA 授权根据 EUA 紧急使用,供授权实验室使用;本产品仅被授权用于检测 SARS-CoV-2 中的核酸,不适用于任何其他病毒或病原体;此外,本产品的紧急使用仅在以下声明期间获得授权:存在证明根据《联邦食品、药品和化妆品法》第 564(b)(1) 节、《美国法典》第 21 卷第 360bbb-3(b)(1) 条授权紧急使用体外诊断以检测和/或诊断 COVID-19 的情况,除非声明被终止或提前撤销授权。

检测不足时

 引入 SARS-CoV-2 NGS 检测 - RUO 分析:一种仅用于研究的灵敏度很高的核酸杂交捕获分析法,用于 SARS-CoV-2 病毒的检测、表征和环境监测。这种分析方法运用了 Twist Bioscience 通过 DNA 合成快速开发病毒特异性组合的独特能力,以及 Biotia 的综合数据分析软件和报告功能(COVID-DX [1.0 版])。

  • 每个样本中的敏感检测水平低至每毫升 800 个病毒拷贝 
  • 富集 1 倍或以上后,覆盖 >99.9% 的基因组 
  • 能鉴定新型病毒突变 
  • RUO 软件分析报告提供用于流行病学监控的变异分型和系统发生分析 
     

包含 Biotia 分析软件的 Twist

根据紧急使用授权书授权临床使用
 

世界各地的病毒研究团队和治疗领域都在快速应对冠状病毒疫情。Twist 与 Biotia, Inc. 合作,获得了美国食品与药物管理局 (FDA) 的 SARS-CoV-2 新一代测序 (NGS) 检测紧急使用授权 (EUA)。SARS-CoV-2 NGS 检测是一种体外诊断测试,一种基于核酸杂交捕获的高灵敏度检测,旨在检测 SARS-CoV-2 RNA。该测试结合 Biotia 全面的数据分析软件和报告能力 (COVID-DX (v1.0)),降低了假阴性结果的可能性。相比之下,大多数基于聚合酶链式反应 (PCR) 的 SARS-CoV-2 检测只能识别有限的病毒遗传标记。潜在的杂交捕获技术具有高度的变体耐受性,可准确鉴定和表征新的或未表征的变体,最大限度地增加已鉴定的变体序列的数量,相比之下其他方法可能会遗漏某些区域的突变。

SARS-CoV-2 NGS 检测可从各种来源(如鼻咽拭子)完成病毒基因组测序,每毫升病毒拷贝数低至 800。该检测可在一次检测中对多达 96 个样本(92 个患者样本和 4 个质控品样本)进行批量分析,以表明每份样本中是否存在病毒。

除获得可靠的检测结果之外,研究人员还可以选择获得仅供研究使用 (RUO) 的报告,无需额外收费。RUO 报告包括检测到的遗传变异、与分支相关的变异结果和系统发生分析,所有这些都可以对病毒突变、遗传可变性和进化进行监测。

端对端解决方案
分析灵敏度
测定的检测限 (LoD) 为每毫升 800 个病毒拷贝
识别变体,以降低假阴性结果的可能性
创新的文库制备
临床性能
超过 95% 的 FDA 一致性指南
温度
供研究人员使用的可选 RUO 报告*
提供变体分型和系统发生分析,以实现流行病学监测

*本产品尚未获得 FDA 许可或批准,但已被 FDA 授权根据 EUA 紧急使用,供授权实验室使用;本产品仅被授权用于检测 SARS-CoV-2 中的核酸,不适用于任何其他病毒或病原体;此外,本产品的紧急使用仅在以下声明期间获得授权:存在证明根据《联邦食品、药品和化妆品法》第 564(b)(1) 节、《美国法典》第 21 卷第 360bbb-3(b)(1) 条授权紧急使用体外诊断以检测和/或诊断 COVID-19 的情况,除非声明被终止或提前撤销授权。

检测不足时

 引入 SARS-CoV-2 NGS 检测 - RUO 分析:一种仅用于研究的灵敏度很高的核酸杂交捕获分析法,用于 SARS-CoV-2 病毒的检测、表征和环境监测。这种分析方法运用了 Twist Bioscience 通过 DNA 合成快速开发病毒特异性组合的独特能力,以及 Biotia 的综合数据分析软件和报告功能(COVID-DX [1.0 版])。

  • 每个样本中的敏感检测水平低至每毫升 800 个病毒拷贝 
  • 富集 1 倍或以上后,覆盖 >99.9% 的基因组 
  • 能鉴定新型病毒突变 
  • RUO 软件分析报告提供用于流行病学监控的变异分型和系统发生分析 
     

包含 Biotia 分析软件的 Twist

工作流
工作流概述

本检测中使用的 dsDNA 生物素结合杂交捕获组合旨在富集疑似 COVID-19 患者上呼吸道标本中的所有进化 SARS-CoV-2 病毒序列。

这种基于捕获的检测利用了来自患者样本中模板病毒和人 RNA 序列的 cDNA 合成,使用 PCR 热循环器通过 cDNA 产生扩增文库。然后在与特异于 SARS-CoV-2 的生物素附着探针进行杂交反应期间靶向 SARS-CoV-2 病毒序列。使用生物素-链霉亲和素化学和严格性洗涤从非靶区提取靶区。使用 PCR 热循环仪扩增剩余分子,并通过基于 Illumina 的 NGS 平台(NextSeq 500、NextSeq 550 和 NextSeq 550Dx 系统)测序。

工作流概述图
工作流概述

本检测中使用的 dsDNA 生物素结合杂交捕获组合旨在富集疑似 COVID-19 患者上呼吸道标本中的所有进化 SARS-CoV-2 病毒序列。

这种基于捕获的检测利用了来自患者样本中模板病毒和人 RNA 序列的 cDNA 合成,使用 PCR 热循环器通过 cDNA 产生扩增文库。然后在与特异于 SARS-CoV-2 的生物素附着探针进行杂交反应期间靶向 SARS-CoV-2 病毒序列。使用生物素-链霉亲和素化学和严格性洗涤从非靶区提取靶区。使用 PCR 热循环仪扩增剩余分子,并通过基于 Illumina 的 NGS 平台(NextSeq 500、NextSeq 550 和 NextSeq 550Dx 系统)测序。

工作流概述图
数据分析
数据分析和报告

Biotia COVID-DX (v1.0) 软件分析测序结果,提供一份面向临床的报告,其中包括每个样本中是否存在 SARS-CoV-2 病毒的结果。该软件根据 FDA 紧急使用授权用于诊断用途。样本报告见图 2。

存在/不存在
SARS-CoV-2 检测基于从患者样本中回收的病毒基因组的百分比。回收的病毒基因组百分比越高,检测就越有可能确定存在病毒。

结果解释
阳性报告:检测到 SARS-CoV-2 病毒基因组。
阴性报告:未检出 SARS-CoV-2 病毒基因组。
无效报告:质控品未通过筛选。样本应再次进行检测。如果出现第二次失败,则将作为“无效结果”报告给发送方,如果临床上仍显示患者检测,则建议重新采集样本。

Biotia 检测报告
阳性结果的临床 EUA 报告

通过将结果 与 FDA 授权在紧急使用授权书下使用的 RT-PCR 检测 (EUA RT-PCR) 进行比较,评估了 SARS-CoV-2 NGS 检测的临床性能。检测了 60 份临床鼻咽 (NP) 拭子标本,包括 30 份 SARS-CoV-2 阳性标本和 30 份 SARS-CoV-2 阴性标本。计算了与 EUA RT-PCR 比较品方法相关的阳性和阴性符合百分比,如下图所示。

EUA RT-PCR 比较品表
性能特征

检测限 (LoD)
一项分析灵敏度研究确定了 SARS-CoV-2 NGS 检测在至少 95% 的时间内可检测到的最低 SARS-CoV-2 浓度(基因组拷贝数 (cp)/μl)。检测限测定为每毫升 800 个拷贝,重复 30 次,29/30 (96.67%) 个样本检测结果为阳性。

临床评估
通过将结果与 FDA 授权在紧急使用授权书下使用的 RT-PCR 检测 (EUA RT-PCR) 进行比较,评估了 SARS-CoV-2 NGS 检测的临床性能。检测了 120 份临床鼻咽 (NP) 拭子标本,包括 60 份 SARS-CoV-2 阳性标本和 60 份 SARS-CoV-2 阴性标本。计算了与 EUA RT-PCR 比较品方法相关的阳性和阴性符合百分比,如下图所示。
 

数据分析和报告

Biotia COVID-DX (v1.0) 软件分析测序结果,提供一份面向临床的报告,其中包括每个样本中是否存在 SARS-CoV-2 病毒的结果。该软件根据 FDA 紧急使用授权用于诊断用途。样本报告见图 2。

存在/不存在
SARS-CoV-2 检测基于从患者样本中回收的病毒基因组的百分比。回收的病毒基因组百分比越高,检测就越有可能确定存在病毒。

结果解释
阳性报告:检测到 SARS-CoV-2 病毒基因组。
阴性报告:未检出 SARS-CoV-2 病毒基因组。
无效报告:质控品未通过筛选。样本应再次进行检测。如果出现第二次失败,则将作为“无效结果”报告给发送方,如果临床上仍显示患者检测,则建议重新采集样本。

Biotia 检测报告
阳性结果的临床 EUA 报告

通过将结果 与 FDA 授权在紧急使用授权书下使用的 RT-PCR 检测 (EUA RT-PCR) 进行比较,评估了 SARS-CoV-2 NGS 检测的临床性能。检测了 60 份临床鼻咽 (NP) 拭子标本,包括 30 份 SARS-CoV-2 阳性标本和 30 份 SARS-CoV-2 阴性标本。计算了与 EUA RT-PCR 比较品方法相关的阳性和阴性符合百分比,如下图所示。

EUA RT-PCR 比较品表
性能特征

检测限 (LoD)
一项分析灵敏度研究确定了 SARS-CoV-2 NGS 检测在至少 95% 的时间内可检测到的最低 SARS-CoV-2 浓度(基因组拷贝数 (cp)/μl)。检测限测定为每毫升 800 个拷贝,重复 30 次,29/30 (96.67%) 个样本检测结果为阳性。

临床评估
通过将结果与 FDA 授权在紧急使用授权书下使用的 RT-PCR 检测 (EUA RT-PCR) 进行比较,评估了 SARS-CoV-2 NGS 检测的临床性能。检测了 120 份临床鼻咽 (NP) 拭子标本,包括 60 份 SARS-CoV-2 阳性标本和 60 份 SARS-CoV-2 阴性标本。计算了与 EUA RT-PCR 比较品方法相关的阳性和阴性符合百分比,如下图所示。
 

资源