Le nouveau standard en matière de banques d’ingéniérie des protéines

Lucy Xu, chef de produit Banques chez Twist Bioscience, a récemment expliqué comment Twist constitue de nouvelles banques de variants lors d’un webinaire intitulé : « Explorez les régions de séquence pour l’ingénierie des protéines grâce aux librairies SOLD ». Ce webinaire fait suite au lancement du nouveau produit de Twist Bioscience, Les librairies SOLD. Lucy a expliqué comment cette nouvelle composante de la famille de banques de Twist Bioscience a été développée pour l’ingénierie des protéines, en particulier des enzymes, offrant un outil qui permet de concevoir, d’étudier et d’optimiser rapidement et précisément l’activité enzymatique, la stabilité des protéines ou la solubilité.

Réécrire l’ADN avec la puissance du silicone

Twist Bioscience a mis au point une technologie exclusive pour synthétiser l’ADN sur une plateforme en silicone. Cette plateforme miniaturise le procédé de synthèse, permettant d’imprimer jusqu’à un million d’oligonucléotide dans le même facteur de forme qu’une plaque à 96 puits.

Ces oligonucléotide constituent la base de nombreux produits Twist Bioscience. « Nous avons optimisé notre technologie de façon à créer des banques de variants d’ADN de manière rapide et peu coûteuse vous permettant de disposer des outils dont vous avez besoin en deux semaines seulement », a commenté Lucy. Grâce à l’accès à un énorme volume d’oligonucléotides de haute qualité, chaque variant est constitué base par base, de sorte que la diversité peut être incorporée avec précision dans la région d’intérêt. Les applications de cette technologie comprennent entre autres l’ingénierie des protéines, l’ingénierie des anticorps et l’évolution des enzymes.

SOLD est une extension de la CVL à sites multiples.

Jusqu’à présent, Twist Bioscience proposait deux banques de variants : les « Site Saturation Variant Libraries » (SSVL) et les « Combinatorial Variant Libraries » (CVL). Dans une SSVL, chaque séquence représente une variation d’un seul acide aminé à un emplacement spécifique. Chaque acide aminé de la protéine d’intérêt peut être muté à chaque autre acide aminé. Des ratios précis d’acides aminés spécifiques peuvent également être représentés si nécessaire. Dans un CVL, l’ensemble combinatoire complet des variants d’acides aminés à des positions multiples peut être exploré. De nombreuses régions de séquence peuvent donc être explorées sur une courte portion de protéine.

Lucy a expliqué comment les nouvelles librairies SOLD de Twist Bioscience comblent le fossé entre les SSVL et les CVL, en étant explicitement conçues pour les clients qui étudient de multiples positions de variants dispersés dans leur gène d’intérêt.

Avec les librairies SOLD, le chercheurs ont la possibilité de :

• Build multiple libraries of up to 108 diversity each.
• Construire des banques pour étudier et optimiser l’activité des protéines de manière rapide et efficace en concevant avec précision de multiples mutations dans la séquence de type sauvage, qui peuvent être dispersées dans toute la protéine ou localisées dans des domaines spécifiques
• Incorporer la variation de longueur dans les banques

Les clients des librairies SOLD peuvent également obtenir de l’aide pour supprimer les éléments non utiles, les motifs de non-spécificité et toute autre propriété indésirable dans leur banque, enrichissant ainsi les variants qui ont plus de chances de réussir.

Ingéniérie des protéines avec les librairies SOLD

Les librairies SOLD offrent une amélioration considérable par rapport à la mutagenèse aléatoire, à la mutagenèse dirigée et aux approches de l’ingénierie enzymatique basées sur le « brassage d’ADN », car seules les mutations conçues avec précision sont incorporées dans la protéine. Les librairies SOLD permettent également une distribution uniforme de chaque acide aminé par emplacement et l’élimination des biais indésirables.

Check out the webinar recording to see how Twist built a SOLD library with 26 variant positions scattered throughout the protein, each position containing 2-3 mutations, including the wild type amino acid. Specifically, you will see how the SOLD library synthesis process preserves diversity without being restricted by codon bias. You will also see how the amino acid distribution matches the original design without the need for additional screening with no unintended mutations and no dropouts!

Pour plus d’informations sur les librairies SOLD, consultez la page produit.

Pour savoir comment commander une librairie SOLD pour votre prochain projet, remplissez le formulaire « Contactez-nous ».