解复用 Twist 96-Plex 文库与标准过程不同。单个样本条形码作为 R1 的一部分排列，而不是在标准 i5 位置。正因为如此，Illumina 的 bcl2fastq2 和 BCLconvert 工具不能识别单个样本条形码，在解复用过程中，其根据单个 i7 标签，将所有孔组合在一个单一的孔板级 FASTQ 文件中。

为了解决这个问题，96-Plex 使用者必须按照两步解复用过程进行操作。首先，每个循环的 BCL 文件必须转换为孔板级 FASTQ，然后将孔板级 FASTQ 文件第二次转换为样本特定的 FASTQ 文件。我们建议使用 fgbio DemuxFastqs 开源软件，生成每个样本的 FASTQ。更多信息请参见 Twist 网站上的解复用指南。